哲学家们很早就对灵魂和肉体的相互关系有所探寻，柏拉图看来灵魂可以轮回转世，灵魂能脱离肉体存在。而亚里士多德对灵魂和肉体的关系做出更具体的推断，他认为灵魂是生命的元质，肉体和精神不可分割一旦肉体死亡，灵魂便会消失。笛卡尔则说：身体是可分的，它可以离开我，完完全全在我的意识之外，思（灵魂）是不可分的，它不能离开我，是我的整体或全部。笛卡尔认为灵魂不灭，可以脱离肉体存在。后来还有哲学家认为肉体不重要，精神（灵魂）才是真实存在，物质世界不过是精神创造出的幻象。不论哲人们怎样推想，都集中在灵魂和肉体之间是否能脱离的问题上。很明显，《魍魉之匣》里的京极堂是站亚里士多德理论的，他的观点是：
京极堂认为意识和灵魂是由躯体的所有部件整体构成，是人的语言习惯、闻到的气味、对触摸过于敏感的躯体和也许迟钝的听觉等等千千万万种条件构成，大脑是将躯体产生的各种信号和意识碎片汇聚而后才能形成完整且独特的意识，也就是灵魂。如果将躯体的部件更换，那么灵魂就会受损而变得不完整，只剩下大脑的灵魂只能被动接受来自机械传递的意识，于是大脑形成的意识便是机械的意识，而无法具备真正人的意识，人的灵魂。他的理论与《攻壳机动队》正好相反。《攻壳》遵循的理论完全是笛卡尔“灵魂不灭”，大脑脱离其他部件，记忆能够改变，草薙素子遭遇忒修斯之船困境，她对自己是否真实存在产生怀疑，她对自己义体里是否有真正大脑产生怀疑，她的自我认知和自我人格出现问题。
公安九课的大部分成员都是经过大幅义体化的，只有托古萨只做过少量改造，他仍然是缺点最多最不“可靠”的完整人类，可是托古萨却是团队里最重要的组成部分，他成了团队的镜子，精准映照出素子等人的缺点和问题，所以在TV版《攻壳》里托古萨成为和笑面男对抗的重要角色。巴特的灵魂也显得更完整，因为巴特表现出来的忠诚和爱慕让这个角色显得特别有人情味，他几度向素子表达好感，却完全被忽视了。他成为另一面镜子，他有爱，热爱生活，惜命。草薙素子冒险、冷漠、对生命漠视甚至对生命本身产生怀疑。
画面表现巴特的时候，颜色丰富多彩，巴特虽然是电子眼完全看不出情绪，但是脸上的表情很足，看得出他喜欢素子，被素子冷淡挫伤，一扭头是孤寂的背影和冷酷现代的城市。表现素子的内心戏和台词时画面是冷色，显得沉闷昏暗甚至带有悲观的氛围。
通过托古萨和巴特两个与素子的对比可以看出，义体化程度越高，对GHOST（自我，灵魂）的影响越大，再按照京极堂的灵魂是肉体所有部分意识的集合理论对照，草薙素子的GHOST还的确是机械意识的反射，萬重在观影过程中甚至会产生押井守安排草薙素子的冒险任务，包括从高楼跳下执行暗杀，深潜水和孤胆擒敌等等，是了给草薙素子一种“寻死”的情愫。当然这是萬重个人很模糊的感觉，就像托古萨的疑问类似。
诞生于网络里的「生命体」找草薙素子融合（结合）的目的之一便是获得死亡和繁衍机能，我才意识到死亡或者说意图死亡正是草薙素子拥有真实生命和真正GHOST的证明！在灵魂组成方面，《魍魉之匣》与《攻壳机动队》似乎达成一致，但京极堂的理论是绝对无法认同或者解释没有形体出现出现「生命体」的，皮之不存毛将焉附？
没有形体怎么能产生附着灵魂呢？
但网络海洋诞生拥有GHOST的可能性并不是没有，甚至在未来生命形式可以突破形体的束缚诞生真正划时代的新生命，萬重和大家一样，期待着。